Les problèmes posés par la santé et l'environnement ont été accentués par la croissance rapide de la population et l'expansion continue des activités agricoles et industrielles. Plus de 70 % des entreprises industrielles d'Israël se trouvent concentrées le long de l'étroite plaine côtière où les conditions météorologiques ne favorisent guère la dispersion des matières polluantes. Pour lutter contre la pollution des côtes de la Méditerranée et de la mer Rouge, Israël a adopté un ensemble de mesures comprenant des dispositions législatives, des règlements, des campagnes de nettoyage des plages et la participation à des activités internationales, principalement dans le cadre du Plan d'action méditerranéen.
En raison de la pénurie d'eau et de l'intensité du développement, l'un des problèmes les plus graves est celui de la dégradation de la qualité de l'eau. Les causes principales de la pollution des nappes phréatiques sont les engrais chimiques, les pesticides, l'infiltration de l'eau de mer et des effluents domestiques et industrielles. Afin de sauvegarder l'environnement et préserver la santé publique tout en augmentant le potentiel à la disposition de l'irrigation, le traitement des eaux usées bénéficie d'une priorité absolue. Un projet d'épuration des cours d'eau pollués a été mis au point pour les transformer en sources d'eau douce présentant un intérêt à la fois écologique et touristique. La qualité de l'eau des rivières est régulièrement contrôlée et celle de l'eau potable fait l'objet d'une surveillance très stricte.
Les facteurs affectant la qualité de l'air sont, entre autres : la production d'énergie, les transports et les émanations industrielles. Un nouveau programme de contrôle de la qualité de l'air a été mis au point en réaction aux scores particulièremnt élevés de pollution atmosphérique dans les zones industrielles urbaines, surtout le long de la plaine côtière; il établit des niveaux d'émissions polluantes et étend le réseau de contrôle de la qualité de l'air. L'utilisation de charbon à faible teneur en soufre et de mazout pour la production de l'énergie a permis de réduire les concentrations d'oxydes de soufre, mais la pollution résultant de l'accroissement du trafic automobile ne fait qu'augmenter. De nouvelles mesures, dont la mise en vente d'un carburant sans plomb et de convertisseurs catalytiques, devraient permettre d'en réduire les effets.
Israël est confronté au problème de l'accroissement des déchets solides résultant d'une augmentation rapide de la population, de la production industrielle et de la consommation. Des centaines de décharges mal gérées sont des sources de risques pour la santé et l'environnement. Pour y faire face, un plan prévoit la fermeture des décharges illégales et leur remplacement par un petit nombre de centrales de traitement, ainsi que le passage à une technologie non polluante par la promulgation d'une loi sur le recyclage des produits.
Une gestion sans risques des matières dangereuses est prévue par une législation visant à créer une administration de la base au sommet comprenant la délivrance de permis, la réglementation et le contrôle des diverses phases de leur production, de leur utilisation et de leur manutention. L'application de cette législation et du nouveau plan national d'urgence pour le traitement des accidents provoqués par les matières nocives devrait permettre de réduire les dangers que ces matières représentent pour la santé et l'environnement.
Outre les réglementations et l'éducation dans le cadre de sa politique de protection de l'environnement, l'Etat d'Israël prévoit des allocations destinées aux entreprises qui investissent dans le contrôle et le traitement des matières polluantes et adoptent des technologies et des matières premières non-polluantes.